Visa teritorija, kad patogiau būtų administruoti urėdijos teritorijoje esančius valstybinės reikšmės miškus, į 5 padalinius – girininkijas. Jos, pagal urėdijos užduotis, atlieka miškų ūkio, miško ruošos, priešgaisrinius bei sanitarinius darbus savo kontroliuojamoje teritorijoje.

   Po Lietuvos nepriklausomybės atkūrimo keičiasi miškų nuosavybės forma. Užbaigus miškų reformą, daugiau nei pusė Urėdijos kontroliuojamoje teritorijoje esamų miškų bus privatūs.

 

Nuosavybės forma	Bendras plotas (ha)	Procentai
Valstybinės reikšmės miškai	13442	40,3
Urėdijos valdomi nevalstybinės reikšmės miškai	73	0,2
Privatūs miškai	14073	42,2
Nuosavybės teisių atkūrimui skirti miškai	5598	16,8
Kitų naudotojų miškai	165	0,5
Iš viso	33351	100

   Miškai, vadovaujantis Miškų įstatymo reikalavimams, pagal funkcinę paskirtį suskirstyti į kategorijas, o pagal nustatytą ūkinį režimą — priskirti atitinkamoms miškų grupėms. Valstybinės reikšmės miškai yra kelių kategorijų: draustiniai, genetiniai ir sėklinės reikšmės medynai, saugomų gamtos išteklių sklypai, vandens telkinių apsaugos zonos ir ūkiniai miškai.

   Antros grupės miškų pagrindą sudaro draustiniai - tai Notygalės telmologinis draustinis Skapiškio girininkijoje, Kepurinės telmologinis ir Vainiškio pedologinis draustiniai Kupiškio girininkijoje, Iženo telmologinis draustinis Šimonių girininkijoje. Notygalės ir Kepurinės telmologiniai draustiniai kaip atitinkantys buveinių apsaugai svarbios teritorijos kriterijus priskirti Europos ekologiniam tinklui Natura 2000. Šiam tinklui priskirta ir didžioji dalis Šimonių girininkijos miškų, patenkančių į Šimonių girios biosferos poligoną. Šimonių girioje ypatingos apsaugos priemonių imamasi dėl ten gyvenančių Europoje nykstančių paukščių - tai juodasis gandras, mažasis erelis rėksnys, žalvarnis.
   Nors ir šiuo metu priskiriamos IV miškų grupei, tačiau ypatingą apsaugos statusą turi Kertinės miško buveinės - tai teritorijos, kuriose aptiktos retos, nykstančios augalų, vabzdžių rūšys ir kt. Mūsų urėdijoje yra išskirta 9 vnt.  kertinių miško buveinių, 19 vnt. potencialių kertinių miško buveinių, 62.4 ha ploto. Jų yra kiekvienoje girininkijoje, atskiros KMB plotas svyruoja nuo 0.1 ha iki 7.9 ha.  Kertinėse miško buveinėse nevykdoma jokia ūkinė veikla -  nekertami medžiai, nešalinami virtėliai, sausuoliai, neardoma miško paklotė.
   Miškų urėdija I grupės miškų savo kontroliuojamoje teritorijoje neturi, tačiau Skapiškio, Kupiškio ir Šimonių girininkijose yra atrinkta viso 858.1 ha miškų, kuriems suteiktas ypatingas statusas - juose nebus vykdoma jokia ūkinė veikla. 
     Gamtosaugines visuomenines organizacijas, visus mylinčius gamtą miško lankytojus kviečiame bendradarbiauti su miškininkais ir pranešti jiems apie pastebėtus gamtosaugos pažeidimus, rastas retų paukščių lizdavietes ir kitą informaciją.
   Kiek daugiau nei pusę urėdijos teritorijoje esančių medynų ploto yra spygliuočiai: eglynai bei pušynai, ketvirtadalį — beržynai. Kitos Lietuvoje paplitusios rūšys: uosynai, juodalksnynai, drebulynai, kurie užima tik po 1 – 7 % ploto. Valstybinės reikšmės miškuose baigiama naikinti menkaverčių medžių rūšis – baltalksnyniai.

     Miškotvarkos projekte, greta plynųjų kirtimų, projektuojamos ir miško atkūrimo priemonės. Reikalingą sodinamąją medžiagą urėdija perka gretimose urėdijose.